Довольно быстро отыскалась причина странного поведения алгоритма UMAP в разных средах, о которой я писал ранее. Всё оказалось очень просто, но в довольно неожиданном месте: версия не только библиотеки umap, но и самой среды выполнения R. Таким образом, для идентичной работы алгоритма на разных платформах, требуется не только одинаковая версия используемой библиотеки, но и самой среды.

Итак, наш код с данными по ирисам:

library(umap)
library(dbscan)

iris.data <- iris[,-5]
iris.norm <- scale(iris.data)

#set.seed(15)
iris.umap <- umap(as.matrix(iris.data) , random_state = 15)
iris.clus <- dbscan(iris.umap$layout, eps = 0.7, minPts = 5)


spec <- ifelse(iris$Species == 'setosa', 1, 
                 ifelse(iris$Species == 'versicolor', 2, 
                        ifelse(iris$Species == 'virginica', 3, -20)))
plot(iris.umap$layout, bg=iris.clus$cluster + 1L, pch=20 + spec , xlab = 'X',  lab = 'Y', cex=2)

Результаты выполнения этого кода на трёх разных машинах, две из которых имеют одинаковую ОС: